Lasprimeras diócesis católicas que se establecieron en el Caribe fueron las de Puerto Rico en el siglo XV. Con la llegada de los españoles, la religión católica se extendió de forma exclusiva y autoritaria. La gran mayoría de los municipios de la isla tienen su propia iglesia, a menudo en la plaza central del pueblo, frente al ayuntamiento.la vida cotidiana de los puertorriqueños está marcada por las fiestas y los rituales religiosos. Las iglesias suelen estar bien llenas para la misa dominical, aunque poco a poco se van vaciando. Muchos puertorriqueños dan gracias a Dios antes de empezar a comer. A menudo se cuelga un rosario en el espejo central del coche familiar. Así que la mejor manera de medir el fervor católico de los isleños es ir a un carnaval. Queda por ver si la pasión y la energía puestas en la preparación de la fiesta son un rito católico, o simplemente tradicional. Cada uno encuentra lo que quiere ver.
El protestantismo se desarrolló en la isla tras la guerra hispano-americana. La primera iglesia protestante de Puerto Rico, la Holly Trinity Anglican Church, se fundó en 1872, pero no se le permitió tocar las campanas hasta la llegada de los estadounidenses en 1898, cuando se estableció la libertad religiosa. Bautistas, metodistas y presbiterianos componen esta comunidad, la mayoría de cuyos seguidores afirman proceder del catolicismo. Estados Unidos tiene la mayor concentración de evangélicos del mundo (casi el 30% de la población), y se espera que Puerto Rico siga esta tendencia, ya que algunos investigadores predicen que los evangélicos constituirán el 75% de la población de Puerto Rico en un futuro próximo.
Puerto Rico también alberga la mayor comunidad judía del Caribe y es la única isla donde están activas las tres principales corrientes del judaísmo: ortodoxa, conservadora y reformista. Cuenta con unos 3.000 miembros, en su mayoría descendientes de inmigrantes llegados de Europa en la época de la Alemania nazi. Se añadió una segunda oleada, esta vez de emigrantes judíos de Cuba que huían de las redadas. Hay tres sinagogas activas en San Juan y una en Mayaguez. En la isla hay comida kosher.
La religión islámica sigue siendo desconocida en el Caribe. Mientras que entre los esclavos africanos el Islam estaba sin duda representado en secreto, su introducción en Puerto Rico se remonta oficialmente a mediados del siglo XX, cuando un gran número de palestinos emigró. Hoy en día también hay una comunidad pakistaní y egipcia que frecuenta las mezquitas. La primera mezquita se estableció en 1981 en la ciudad de Río Piedras. En la actualidad hay nueve mezquitas en todo el país, con unos 5.000 seguidores.
Encuanto a las creencias populares, con la santería, comparable al vudú, y a pesar del peso de las iglesias católica y evangélica, los puertorriqueños siguen venerando a ciertas deidades yoruba, ancladas en la cultura africana. Esta práctica se remonta a la época de los esclavos, que, obligados a adoptar el catolicismo, asumieron ciertas celebraciones de los santos católicos identificándolos con sus propias figuras divinas. ¿Sincretismo religioso o doble filiación cultural? Sea como fuere, existe una verdadera herencia cultural africana, y el culto a los antepasados sigue siendo una práctica persistente en la sociedad puertorriqueña. La última comunidad con mayoría de descendientes de esclavos se encuentra en la localidad de Loíza. Es aquí donde cada mes de julio el Festival Santiago Apóstol da vida a esta mezcla única de tradiciones católicas africanas y españolas.
