Mamíferos
Los ungulados siguen siendo muy numerosos, con grandes poblaciones de jabalíes, ciervos, corzos y muflones, pero el más emblemático de los Pirineos es sin duda el isardo. Elegante y ágil, retuerce su pelaje pardo en los altos prados y sus finos cuernos en forma de gancho son reconocibles al instante. Aunque el íbice está presente en la región desde la prehistoria, ha sido cazado como trofeo durante demasiado tiempo, y ahora se beneficia de un plan de reintroducción. En los prados altos, oirá el silbido de la marmota al acercarse Escondida en una madriguera bajo las crestas o las rocas, afronta los meses fríos con suavidad, al igual que el oso pardo, rey de la invernada. Un total de 83 úrsidos se encuentran en los Pirineos, tanto en la vertiente francesa como en la española. El armiño agita con gracia su hermoso pelaje, que se vuelve blanco en invierno. De la campiña a las cumbres, su legendaria curiosidad recorre los páramos con una agilidad excepcional. Desde 2008, la ardilla de montaña es el orgullo del valle de Aure, donde ha sido censada. Es la especie más rara de la región, y la única que se encuentra allí. Es tan frágil como amenazada. El lobo, la cabra montés y el lince han desaparecido de los Altos Pirineos.
Reptiles y anfibios
Si hay un pequeño habitante en el departamento, ése es el lagarto, ¡y no faltarán para acompañarle en sus paseos! Algunas son incluso objeto de mucha atención, ya que las zonas Natura 2000 garantizan su protección. Es el caso de la lagartija pirenaica, cuyo reciente descubrimiento ha dado una nueva dimensión a la especie. La víbora áspid se deleita en el suelo rocoso a gran altitud. Fácilmente reconocible por su pequeña cabeza triangular y la punta de su hocico curvado, hay que manipularla con mucho cuidado, ya que es venenosa y puede ser letal. En estos humedales viven salamandras y tritones, así como ranas (¡de los Pirineos!) y sapos, incluido el raro sapo. Su hábitat se encuentra exclusivamente a más de 2.500 m de altitud, pero puede vivir más de 30 años. Actualmente su supervivencia está en peligro, entre otras cosas por un hongo que ha diezmado la especie.
Pájaros
Surcan los cielos con gracia. Las rapaces han encontrado en los Altos Pirineos un hábitat que parecen dominar como dueñas y señoras. Su presencia aquí es sencillamente excepcional, y encontrará muchos buitres y halcones, así como espléndidas águilas reales y el águila culebrera, que viene en verano a darse un festín de serpientes. En los acantilados, el buitre leonado vigila y no podrá confundirlo con su característico vuelo lento y planeador. Prospera en los pastos de montaña y su tamaño casi rivalizaría con los 3 m de envergadura del "rompehuesos". Este es el nombre que recibe el inofensivo quebrantahuesos, una de las rapaces más raras y emblemáticas. La perdiz nival o perdiz roquera es también una especie endémica. Si tiene suerte, incluso podrá avistar al tímido y discreto urogallo, comúnmente conocido como urogallo, cuyo plumaje de increíble belleza es una delicia.
Pescado
Sus 2.500 km de ríos drenan una rica población que los pescadores conocen bien, y las truchas salvajes han encontrado su reino en los Altos Pirineos. La más rebelde, pero también la más popular, es el famoso fario, que atrae a un número cada vez mayor de adeptos desde su introducción en la Edad Media. Se puede admirar en las aguas de 220 lagos de montaña, donde ondulan tranquilamente junto a él arco iris, truchas de arroyo, salmones y algunas raras truchas árticas, reconocibles por su color azulado. Los lagos albergan peces blancos, carpas y depredadores.
Especies acuáticas
El desmán es un pequeño insectívoro de 60 g, semiacuático e hiperactivo, con patas palmeadas y una curiosa probóscide que le ha valido el apodo de "rat-trompette". Prácticamente ciego, este pequeño emblema del departamento vive en las orillas de los ríos. Más fácil de encontrar, el euproctus es el único tritón con uñas Su piel gris tiene puntas córneas. Es una fabulosa reliquia que existe desde la época de los dinosaurios. Prefiere las aguas claras y frías de los lagos y arroyos donde vive. Dos especies raras, que hay que proteger y a las que hay que acercarse con toda la delicadeza que merece su fragilidad.
Árboles
Con su vegetación estratificada, la zona se convierte en un auténtico reino montañoso repleto de bosques a partir de los 900 m de altitud. Hayas, abetos y pinos silvestres se suceden antes de dar paso a la zona subalpina, salpicada de pinos ganchudos que pueden alcanzar los 500 años de edad, rododendros de hierro, cuyas flores fucsias y carmín son una delicia, fresnos de montaña y abedules. Este encanto verde cambia a partir de los 2.500 m, donde los sauces enanos soportan las duras condiciones y, más allá, sólo los líquenes sobreviven al clima.
Flores y plantas raras
Con 1.700 especies, 160 de las cuales sólo se encuentran en los Pirineos, el departamento posee una flora excepcional. A partir de mayo, se puede admirar el cardamine, la valeriana pirenaica, el cardo carlino, el gispet y el rufo de Gastón. De 2.500 a 3.000 m, las flores adquieren colores vivos, como la silene sin tallo, la amapola olorosa o la saxífraga de Irat. En este ramillete de delicadeza, destacan los racimos de color amarillo brillante del lirio de los Pirineos, cuyo tallo puede alcanzar un metro de largo, así como el iris azul oscuro y vivo y la ramonda de los Pirineos, que se aferra a las rocas y resulta sublime con sus pétalos malva y su corazón anaranjado. Especies raras y únicas del lugar.
Vegetación subacuática
Algunas de las flores de la región sólo pueden prosperar en un medio acuático, como la saxífraga de flor blanca que se dispersa a lo largo de los arroyos. Entre las especies notables, la frágil y rara subularia acuática es objeto de un plan de rescate local. Esta pequeña planta de flores en forma de cruz sólo se encuentra en los Pirineos y en un único punto de la laquette del bajo Orédon, en la Reserva Natural Nacional de Néouvielle.