El parque está dividido en diez bases(núcleos) abiertas a los visitantes.

El núcleo Curucutu, en Itanhaém, abarca 12.029 ha. Hay dos rutas de senderismo (una fácil y otra media). Abierto de martes a domingo de 8:30 a 17 horas.

Las otras puertas de entrada al parque, de suroeste a noreste, son

Núcleo Itariru (en Pedro de Toledo). 50.000 ha. Tiene un sendero, la Trilha da Usina, que pasa por las ruinas de una antigua central hidroeléctrica construida en 1944. Abierto de 8 a 17 horas.

Núcleo Itutinga-Pilões (en Cubatão). 43.800 ha ricas en especies endémicas, ruinas de la época de la colonización del país y senderos históricos. Tres rutas de senderismo (con reserva). Abierto los sábados de 9:00 a 12:00 horas o los demás días de 9:00 a 17:00 horas previa reserva.

Núcleo Bertioga. 30.000 ha. Esta base fue creada en 2010 para mejorar la gestión de una extensión del Núcleo Itutinga-Pilões.

Núcleo Padre Dória (en Salesópolis). 26.154 ha. Esta base fue creada en 2014 para mejorar la gestión de algunas áreas de los núcleos São Sebastião, Bertioga y Caraguatatuba

Núcleo de São Sebastião. 26.268 ha de bosques y marismas. Hermosas vistas del océano. Varios senderos de diferentes niveles con la posibilidad de nadar. El sendero de Praia Brava conduce a la playa. Abierto de 8 a 17 horas, visitas con reserva.

Núcleo Caraguatatuba. 35.947 ha con varias cascadas y ríos. Ocho rutas de senderismo, algunas con posibilidad de baño. Abierto de martes a domingo de 8 a 17 horas. Acceso a los senderos hasta las 16 horas.

Núcleo Picinguaba (alrededor de Ubatuba). Con 47.500 hectáreas, es la única base situada a nivel del mar. Caminatas y excursiones en canoa organizadas por los guías del parque. Reserva con antelación. Abierto todos los días de 8 a 17 horas.

Núcleo Santa Virginia (en São Luiz do Paraitinga). 17.500 ha. Seis senderos de diferentes niveles que pasan a menudo por las orillas de los ríos Paraibuna e Ipiranga. Abierto de martes a domingo de 8 a 17 horas.

Núcleo Cunha (interior). En medio de la Mata Atlántica, a 20 km de Cunha por pista de tierra, la base de Cunha del Parque Estadual da Serra do Mar abarca 14.000 ha y ofrece tres senderos para los excursionistas. Incluso los menos experimentados pueden seguir la ruta de 50 minutos sin guía y disfrutar de las cascadas y las pequeñas piscinas naturales para darse un baño. Si es usted deportista, póngase en contacto con la administración con antelación para reservar y llevar un guía. Abierto todos los días de 8 a 17 horas.