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Atenas-Patmos. Hay al menos dos conexiones en ferri a la semana entre Patmos y El Pireo (nueve horas de travesía; a veces siete horas de vuelta, según el trayecto). Además, un ferri une la isla con Salónica una vez a la semana (18 horas).

Conexiones con otras islas. Los barcos procedentes del Pireo pueden pasar por Amorgos, Siros, Rodas y Cos antes de llegar a Patmos. Si no, hay conexiones con Leros, Lipsí, Kálimnos, Cos, Arki, Agatonisi, Samos, Rodas, Siros, Symi, Quíos, Lesbos, Icaria y Fourni.

Excursiones. Cada día se organizan barcos de excursión a Lipsí, Arki y Samos.