Creado en 1999, este parque nacional (Parku Kombëtar i Prespës) de 277 km² se extiende alrededor de Pustec, a lo largo de las partes albanesas de los dos lagos de Prespa. Se trata de una reserva de rica biodiversidad inscrita desde 2013 en el Convenio de Ramsar, que protege los humedales de importancia internacional. El parque también forma parte de la Reserva de la Biosfera transfronteriza Ohrid-Prespa, entre Albania y Macedonia del Norte, que se incluyó en el Programa sobre el Hombre y la Biosfera de la UNESCO en 2014. El lago Prespa (o gran lago Prespa) tiene una superficie de 273,6 km². Es compartido por Macedonia del Norte (190 km²), Grecia (84,8 km²) y Albania (38,8 km²). El pequeño lago Prespa cubre una superficie de 46,8 km² y está a caballo entre Grecia y Albania (4,3 km²), separado del lago Prespa por un istmo de menos de un kilómetro de ancho en Grecia. La gestión de los dos lagos es un ejemplo único de colaboración entre tres países para proteger el medio ambiente. El parque nacional albanés linda con el Parque Nacional de Galičica (227 km²) en Macedonia del Norte y con el Parque Nacional de Prespa (195 km²) en Grecia.

Pelícanos ceñudos. El parque nacional albanés de Prespa presenta una interesante variedad de paisajes, con extensiones de agua y humedales (49 km²), bosques, tierras de cultivo, pastos, una zona semimontañosa bajo el monte Galičica (2254 m sobre el nivel del mar, en Macedonia del Norte), pero también acantilados, cuevas, iglesias rupestres y la isla de Maligrad. Los bosques (135 km²) son principalmente de robles (roble albar, roble pubescente, roble húngaro, roble cabelludo y roble macedonio). En la zona semimontañosa, en el noreste, las principales especies son el haya común y la balcánica, el arce blanco, el avellano bizantino, el abeto blanco y el búlgaro. En total, hay más de 1100 especies vegetales. El parque alberga unas 270 especies de aves, la mitad de las cuales anidan aquí. Los lagos Prespa albergan la mayor colonia europea de una de las especies más amenazadas del mundo: el pelícano ceñudo (Pelecanus crispus). Aquí habitan unas mil parejas, repartidas entre los tres parques. También encontramos el pelícano común, el cormorán pigmeo, las garcetas grandes y pequeñas, el martinete, la garcilla cangrejera, el morito... Entre los mamíferos, hay osos, lobos y zorros. Las cuevas albergan unas 25 especies de murciélagos. Por último, hay 34 tipos de reptiles y anfibios.