Creado en 1889, es el museo más antiguo del país. Se encuentra en un espléndido edificio construido en 1883, único en su género por su estilo oriental, morisco (arquitecto Tîganco). Desde su fundación, el museo se convirtió en un importante centro científico y cultural de Besarabia, reconocido en Europa. En 1931, se enriqueció con un jardín botánico, relacionado con los tres tipos de zonas de vegetación del país. En 1942 el jardín recibió un estanque con plantas y animales acuáticos de varias regiones, incluyendo el Delta del Danubio. Un pabellón de madera que data de la exposición agrícola de 1889 todavía existe.

Las colecciones del museo incluyen más de 135.000 piezas, entre las que se encuentran piezas geológicas, paleontológicas (piezas paleobotánicas y paleozoológicas, esqueleto completo de Deinotherium gigantissimum que data de 7 millones de años), botánicas (herbarios, uno de los cuales data de finales del siglo XIX), zoológico (animales naturalizados), arqueológico (paleolítico, antigüedad, medieval), numismático (14.000 piezas desde la antigüedad hasta hoy) y etnográfico (textiles, alfombras, cerámica, trajes, herramientas, artesanía popular). El museo incluye una sala llamada "Casa Mare", que reconstruye la sala principal de la casa tradicional moldava, decorada en un estilo rústico con alfombras hechas a mano y otros ornamentos. Una sala está dedicada a las tradiciones relacionadas con las ceremonias de la boda y otra a los trajes populares.