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La forma más cómoda de llegar a Anafi es a través de Santorini (1,5 horas), que está muy bien comunicada. Además de los tres transbordadores semanales desde El Pireo, hay otros cuatro transbordadores que salen de Santorini y llegan a Anafi todas las semanas. La mayoría enlaza con otras islas de las Cícladas: Naxos, Paros, Ios, Syros, Sikinos, Folegandros. Algunos hoteles y agencias turísticas de Santorini ofrecen excursiones de un día a Anafi por unos 50 euros. Por último, Anafi también está conectada con Rodas dos veces por semana.