Según algunos historiadores, el puerto ya era un almacén en la época romana. En la Edad Media, los monjes que trabajaban en la tala del bosque de Cruie (Marly) favorecieron el desarrollo de la ciudad y, por tanto, del puerto, idealmente resguardado en un meandro del Sena. En una época en la que el río era el medio de comunicación más seguro, ofrecía a la ciudad una salida ideal. Un documento notarial atestigua la existencia de un puerto llamado "Port de la Loge" o "Port de Marly". En los siglos XIV-XV, cuando la rama más joven de los Montmorency reinaba en Haut Marly, los señores de Prunay, sus vasallos, poseían la casa solariega y la granja situadas en el territorio del puerto y de Louveciennes. Cubiertas de viñas, las laderas de Marly producían un clarete que se consideraba digno de ser servido en la mesa real. Los barriles se enviaban a través del puerto a París, Normandía e Inglaterra. En 1572, Jacques Nicolas, burgués de París, recibió en herencia un puerto y un pasadizo llamado "Port de la Loge", donde instaló un transbordador. En el siglo XVII, Luis XIV, que había abandonado Saint-Germain por los esplendores de Versalles, disfrutó de cierto descanso en su residencia de Marly. Para satisfacer las necesidades de la corte, expidió cartas patentes dando prioridad al puerto de Marly sobre el de Aupec (Le Pecq). En el siglo XVIII, el tráfico de mercancías del puerto había crecido hasta tal punto que requería la presencia de un notario real. En aquella época, el puerto contaba con una población activa de 165 personas (700 habitantes), todas ellas ocupadas trabajando en el río o explotando hornos de cal. Fue en el último cuarto de este siglo cuando el pueblo experimentó su transformación más profunda. En 1778, Luis XVI dotó al pueblo de una capilla, que pronto se convirtió en la iglesia parroquial de Saint-Louis (1785). Fue a partir de esta parroquia cuando los habitantes pidieron separarse de Marly y eligieron su propio municipio. Le Port-Marly se convirtió en municipio independiente en febrero de 1790. Al final de la Revolución, la población se había reducido a 500 habitantes, el comercio se había hundido, la iglesia estaba en ruinas y la escuela de Luis XVI estaba cerrada. El siglo XIX fue testigo de la reconstrucción de la ciudad: en 1806, se reconstruyó el castillo (antigua casa solariega de los señores de Prunay); en 1819, la superficie había aumentado a 144 hectáreas; en 1846, el novelista Alexandre Dumas hizo construir el castillo de Monte-Cristo en la ladera de Montferrands. Finalmente, en 1850, se produjo un gran auge demográfico, comercial e industrial, gracias a la apertura del pueblo a los provincianos víctimas del éxodo rural, a todas las actividades de las orillas del Sena y a las industrias, canteras y otras galerías de extracción de tiza. En 1853, la familia Rodrigue-Henriquès se instaló en el Château des Lions, donde acogió al pintor Camille Corot, cuyos célebres cuadros de los veinte años siguientes harían aún más famoso a Port-Marly. Los colores cambiantes del río también inspiraron a Alfred Sisley, Camille Pissarro y Albert Lebourg. Aún hoy, el camino de sirga que bordea el Sena y sus gabarras son el hogar de numerosos artistas. La primera mitad del siglo XX fue testigo del declive de la ciudad: en 1914 la Gran Guerra la vació y en 1940 el puerto cesó sus actividades comerciales. No fue hasta 1950 cuando se produjo una nueva explosión demográfica, la urbanización y el tráfico pesado (con la N13).
